毕业于国立台北工专机械科,由于他出生就患有先天性心脏扩大症,因此不用当兵,毕业后他在专营饭店餐厨设备与咖啡机的诚建公司当业务员。31岁时成为诚建公司的老板,由于后来饭店数量趋于饱和,因此转行开始同时经营书店。
吴清友在1989年3月创办诚品书店,由于成功的经营出特殊的“诚品”书店文化:“尊重走进书店里的每一个人”,而受到许多媒体报导。由于一路走来吴清友都相当坚持自己文化书店的理想,也受到不少文人、艺术家的敬重。在诚品书店开始经营的前16年,都是赔本的状态下,吴清友依然主张创业时专卖艺术与建筑书籍的目标,并规划出有别于同业的经营模式(如首开24小时营业、结合商场模式销售等),使得诚品书店在台湾有相当的重要性与知名度。
吴清友还是著名的民国社会学家,对苏联的社会经济政治等等方面颇有研究,曾与郭沫若、张西曼等同在中苏文化协会工作。著书和编著有大量的有关书籍。